Для того, чтобы при загрузке Ubuntu диски монтировались автоматически, надо править файл /etc/fstab предварительно узнав UUID диска или раздела. Но к счастью появилась утилита ntfs-3g, которая облегчает этот процесс. Надо лишь указать которые будут монтироваться автоматически при запуске.
Установить ntfs-3g можно через Synaptics или выполнить команду в консоли
sudo apt-get install ntfs-config
Запускаем утилиту: Система > Администрирование > Инструмент конфигурации записи на NTFS.